Susunan organisasi Universitas Advent Indonesia terdiri atas Yayasan, Rektor dan Wakil Rektor, Biro Administrasi Akademik, Biro Administrasi Umum dan Keuangan, Fakultas, Program, Lembaga, dan Unit Pelayanan Teknis lainnya.
Yayasan
Yayasan Universitas Advent Indonesia, selanjutnya disebut Yayasan adalah perusahaan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 1 angka 6 huruf a Undang-undang Nomor 13 Tahun 2003 tentang Ketenagakerjaan , yang berada dibawah Organisasi GMAHK, berkantor dan berkedudukan di Jalan Kolonel Masturi Nomor 288, Desa Cihanjuang Rahayu, Provinsi Jawa Barat, sesuai Akta Nomor 19 tanggal 25 Juni 2015 yang terdaftar di Departemen Hukum dan Hak Azasi Manusia RI.
Rektor dan Wakil Rektor
Secara tidak langsung Rektor membantu Menteri Pendidikan Nasional di bidang yang menjadi tugas kewajibannya, selain kedudukannya selaku pimpinan Universitas Advent Indonesia. Dalam melaksanakan tugas sehari-hari, Rektor dibantu oleh 3 (tiga) orang Wakil Rektor yang berada dibawah dan bertanggung jawab langsung kepada Rektor, yaitu Wakil Rektor 1 Bidang Akademik, Wakil Rektor 2 Bidang Keuangan, dan Wakil Rektor 3 Bidang Kemahasiswaan.
Biro Administrasi Umum dan Keuangan
Biro Administrasi Umum dan Keuangan (BAUK) adalah unsur pembantu pimpinan di bidang administrasi umum dan keuangan, yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Rektor dan sehari-hari pembinaannya dilakukan oleh Wakil Rektor bidang Administrasi Umum dan Keuangan.